目前,大部分分子病理检查都是基于PCR实验进行的,由于PCR实验的本质是体外酶促合成特异性DNA片段,因此从石蜡包埋组织中提取优质的DNA显得尤为重要。
图1:石蜡切片;
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1、为什么用石蜡将组织包埋?
因为残留的水分可能导致蛋白水解,所以石蜡包埋是维持蛋白完整性的关键一步。
福尔马林固定之后,需要用石蜡将组织进行包埋,此过程包含脱水、透明、浸蜡和包埋。第一步是脱水,其中水被替换成醇类,通常为乙醇。接着是透明,其中醇类被替换成二甲苯或二甲苯替代物。之后是浸蜡,其中二甲苯被置换成石蜡。最后一步是包埋,整个标本被石蜡包围。如此处理,才能避免组织样品的降解。
2、提取DNA为什么要脱蜡?
如果要对FFPE组织进行分子生物学研究,最首先的就是要进行DNA的提取。
(1)固定剂的交联作用对核酸有害
福尔马林石蜡和交联作用会妨碍核酸的提取,抑制DNA聚合酶的活性从而影响PCR扩增。
(2)FFPE样本的特殊性
石蜡会阻碍消化液对组织的渗透,从而抑制蛋白酶K和组织内蛋白的接触,影响到组织消化和核酸的释放。
因此,为消除石蜡对DNA提取和PCR扩增的不良影响,需要对组织进行彻底的脱蜡。
3、脱蜡过程会产生哪些不好的影响?
目前,应用在成熟试剂盒中的脱蜡方法主要是有机溶剂脱蜡法,其中二甲苯脱蜡法由于其脱蜡彻底的特性及透明作用,被广泛地应用在肿瘤研究中。
但是,使用二甲苯脱蜡法提取石蜡包埋组织中的DNA会产生一些不好的影响。
(1)危害实验员健康
在长期使用中,二甲苯通过呼吸道吸入或皮肤接触进入体内后,能够引起神经系统和血液系统损害,长期接触还可引起神经衰弱综合征和植物神经紊乱以及皮肤黏膜刺激症状,甚至可造成免疫功能低下、贫血、白细胞减少、皮炎、湿疹和皮肤干燥,尿中也可以出现蛋白管型等,被公认为有*有害的化学品之一。
(2)影响组织切片质量
二甲苯在组织处理过程中,若使用不当,易使组织产生收缩、硬化变脆等变化,对组织切片的质量有一定影响。
(3)操作过程繁琐时间长
在二甲苯脱蜡法中,需要将石蜡包埋组织浸泡在二甲苯溶液中进行脱蜡,后面经过两次高温处理,每次各一个小时,分别在56℃和90℃。在此期间结合消化缓冲液和蛋白酶K来消化组织,同时利用梯度乙醇来疏松组织结构、促进消化液渗入并去除组织中恒量的二甲苯和甲醛。
图2:二甲苯脱蜡操作步骤
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脱蜡的步骤耗时至少是耗时3小时以上,加上提取的步骤,整个实验4小时左右,而且涉及到的试剂种类较多,容易出错。
因此,不管是出于对实验员的健康、组织切片质量,还是操作过程耗时考虑,都应尽可能避免使用二甲苯脱蜡。
为此,凡知自研出了免脱蜡组织石蜡切片基因组DNA提取试剂盒(磁珠法),帮助研发人员安全、高效、简易地提取组织石蜡切片基因组DNA。
4、免脱蜡FFPE基因组DNA提取试剂盒(磁珠法)
产品简介
凡知免脱蜡组织石蜡切片基因组DNA提取试剂盒(磁珠法)采用独特的无二甲苯的脱蜡配方裂解释放FFPE切片组织中的微量DNA,利用超顺磁性微球对核酸的选择性吸附实现高质量DNA的提取。
产品优势
(1)脱蜡配方不含二甲苯,安全无*;
(2)磁珠选择性吸附实现提取,操作简单;
实验数据
针对石蜡包埋组织核酸提取解决方案,凡知拥有石蜡包埋组织基因组DNA提取试剂盒、FFPE组织RNA提取试剂盒、石蜡包埋组织DNARNA共提试剂盒,且都包含免脱蜡版本。适应不同提取要求的完整产品链,凡知均数据表现优越,可实现高效提取石蜡包埋组织中的核酸。
另外,凡知石蜡包埋组织基因组DNA提取试剂盒经国内肿瘤分析权威检测机构严苛平行对照实验,提取的DNA产物,纯度高、完整型好,性能逼平国际金标准,良好支持下游二代测序实验。